Microbiome

Bien qu’ils soient souvent confondus, microbiome et microbiote sont des termes différents. Le microbiote identifie la population de micro-organismes commensaux, symbiotiques ou pathogènes qui colonisent des zones spécifiques de notre corps, par exemple la peau, le nez, le tractus intestinal et le vagin.

Le microbiote humain joue un rôle important qui consiste à fournir une barrière physique protectrice, libérer des substances antimicrobiennes contre les agents pathogènes, stimuler le système immunitaire, décomposer les toxines potentielles et synthétiser certains micronutriments.

Il est essentiel que ce système dynamique s’adapte aux stimuli externes et internes afin de maintenir un état d’équilibre assurant le bien-être de l’organisme. Les déséquilibres du microbiote peuvent entraîner le développement et la progression de maladies infectieuses, de maladies du foie, de maladies auto-immunes, de cancers gastro-intestinaux, de maladies métaboliques, de maladies respiratoires et de troubles mentaux ou psychologiques.

Le microbiome désigne l’ensemble du patrimoine génétique qui caractérise le microbiote et les gènes qui s’y expriment. Formé pendant l’enfance, le microbiome d’une personne est influencé par l’alimentation, les médicaments et les expositions environnementales. Les différences dans le microbiome peuvent également déterminer la susceptibilité d’une personne à des conditions telles que les troubles métaboliques, les allergies, les cancers, les troubles cardiovasculaires et neurologiques, ainsi que sa réponse aux médicaments.

Votre intestin contient jusqu’à 10-1000 milliards de bactéries par millilitre de matières fécales. On estime que plus de 30 tonnes de nourriture et plus de 50 000 litres de liquides traversent l’intestin au cours d’une vie. La digestion des aliments s’effectue grâce à des structures anatomiques telles que les villosités et les microvillosités, et grâce au microbiote qui est constamment « agité » par le mouvement péristaltique. Certains types de bactéries anaérobies se trouvant dans l’intestin entrent en compétition avec des micro-organismes nocifs pour les nutriments et les sites de fixation sur la muqueuse intestinale.

La muqueuse intestinale constitue environ 70 % du système immunitaire de l’organisme. Dans les parois de l’intestin, des régions spéciales appelées tissu lymphoïde associé à l’intestin (GALT) contiennent des cellules immunitaires qui reconnaissent, identifient et neutralisent les substances nocives. Les interactions entre les bactéries intestinales et les cellules immunitaires sont connues pour jouer un rôle essentiel dans la maturation du système immunitaire.

De même, une voie de signalisation biochimique bidirectionnelle entre le tractus intestinal et le système nerveux central, appelée axe intestin-cerveau, relie le microbiote au cerveau, affectant la réponse au stress, l’anxiété et la fonction de mémoire. Par conséquent, l’intestin est souvent appelé le deuxième cerveau car il joue un rôle important dans la fonction cérébrale et la santé mentale.

La composition du microbiote vaginal varie en fonction de l’âge, du taux d’hormones, de l’activité sexuelle, de la consommation de drogue et de l’hygiène intime. Pour le bien-être général d’une femme, il est fondamental que cette zone corporelle soit colonisée par des micro-organismes qui entravent la colonisation et la prolifération d’agents pathogènes, réduisant ainsi le risque d’infections et d’états inflammatoires. Un microbiome vaginal sain est dominé par Lactobacillus, qui produit une variété de composés antimicrobiens.

Notre peau couvre près de deux mètres carrés de notre corps et constitue notre première ligne de défense contre les agents pathogènes et les substances nocives ; le microbiote colonisateur joue un rôle essentiel pour son bon fonctionnement. Le microbiote cutané se forme au moment de la naissance, connaît des modifications à l’adolescence mais reste quasiment inchangé à l’âge adulte.

Les micro-organismes qui colonisent notre peau varient en fonction de l’état structurel et fonctionnel de la peau à un moment donné. De plus, les différentes zones du corps ont des degrés d’hydratation et des pourcentages de sébum différents. Par conséquent, la population microbienne à la surface de la peau n’est pas homogène. L’étude de la composition du microbiote à différents sites est utile pour mettre en évidence la cause des affections cutanées courantes, telles que l’eczéma à l’intérieur du coude et le psoriasis à l’extérieur du coude. De nombreux troubles cutanés sont associés à des modifications du microbiote (dysbiose), souvent provoquées par des bactéries commensales courantes, par exemple l’acné, une affection cutanée courante à l’adolescence.

La cavité buccale, colonisée par une communauté microbienne diversifiée de plus de 700 espèces différentes de bactéries, de champignons et même de protozoaires, est considérée comme l’un des plus grands réservoirs microbiologiques du corps humain. Le microbiote buccal joue un rôle essentiel dans le maintien de l’homéostasie buccale et la prévention du développement des maladies bucco-dentaires. Sa proximité immédiate avec l’environnement extérieur le rend plus vulnérable aux processus de dysbiose, qui sont accentués par des facteurs tels que le tabagisme et l’alcool. L’augmentation du nombre de bactéries nocives au détriment de bactéries bénéfiques modifie le microenvironnement buccal et augmente les processus inflammatoires.

Une autre caractéristique qui rend le microbiote buccal unique est la capacité de ses cellules et bactéries à s’agréger en adhérant à la surface et à l’émail des dents grâce aux protéines présentes dans la salive. Cette agrégation est à l’origine de la création du biofilm constitutif de la plaque dentaire qui se calcifie provoquant la formation de tartre.

Chez un patient en bonne santé qui observe de bonnes normes d’hygiène bucco-dentaire, les nombreuses espèces bactériennes qui peuplent la flore buccale vivent en équilibre et renforcent le système immunitaire de l’organisme. Toujours est-il qu’une légère variation suffit pour déterminer l’origine de diverses pathologies de la cavité buccale, telles que les maladies parodontales, les aphtes, les caries et l’halitose.